Il Giardino di mezzo, o Naka Shin'en, è uno dei giardini originali aperti al pubblico insieme al santuario nel 1895. È stato progettato da Ogawa Jihei VII, maestro giardiniere dell'era Meiji (1868–1912), noto per il suo abile utilizzo di rocce e acqua. Si tratta di un giardino con laghetto, leggermente più grande e più aperto del Giardino occidentale (Nishi Shin'en), creato anch'esso da lui per l'inaugurazione del santuario.

Il Giardino di mezzo è ispirato al periodo Muromachi (1336–1573). In questo periodo fiorì il Buddismo Zen, che esercitò una forte influenza sullo sviluppo del teatro Noh, della cerimonia del tè, del giardinaggio paesaggistico e della composizione floreale.

Il giardino è arioso e aperto e lungo il sentiero c'è una capanna dove viene servito il tè. Il giardino incarna l'estetica wabi-sabi, la semplice bellezza che si trova nell'imperfezione e nell'impermanenza, apprezzata nella cerimonia del tè e in altre arti tradizionali.

I gradini in pietra attraversano lo stagno e costituiscono un elemento di intrattenimento del giardino, consentendo di ammirare il panorama dall'acqua e da diverse angolazioni. Le pietre differiscono per altezza, forma e dimensione e seguono un percorso sinuoso e giocoso.

Lo Stagno Soryu condivide il nome con la torre sul lato orientale del cortile del santuario, la Torre Soryuro. Entrambi prendono il nome dal Drago Azzurro d'Oriente, uno dei guardiani celesti dell'antica geomanzia cinese.

I fiori nel giardino includono l'azalea, la ninfea, la valeriana dorata (ominaeshi; Patrinia scabiosifolia) e l'iris a orecchio di coniglio (kakitsubata; Iris laevigata).